RFSL Ungdom är en organisation som jobbar på ett demokratiskt sätt. Därför är kongressen med sina 99 ombud som samlas en gång om året det högsta beslutande organet. Kongressen beslutar om kommande års verksamhet, samt väljer en förbundsstyrelsen som mellan kongresserna ska leda organisationen framåt.
Styrelsen sköter den löpande verksamheten mellan kongresserna och driver organisationen framåt på det sätt som kongressen bestämmer. Styrelsen har även ett arbetsutskott under sig, bestående av fem av styrelsens ledamöter där en är ersättare. Utskottet sammanträder mellan förbundsstyrelsens möten och sköter det arbete som förbundsstyrelsen beslutar att de ska göra.
Förbundsstyrelsen har ett antal arbetsgrupper bestående av medlemmar från hela landet. Arbetsgrupperna har olika uppdrag som förbundsstyrelsen ger dem. Gruppernas syfte är att avlasta förbundsstyrelsen med sin spetskompetens inom olika områden.
RFSL Ungdom har cirka 1000 medlemmar och dessa delas in i geografiska distrikt som finns på 19 platser runt om i landet. Varje distrikt har en egen styrelse och jobbar huvudsakligen med sociala aktiviteter såsom kaféer, filmkvällar och alkoholfria ungdomsfester.
